در سال 1929 بابا ناگهان کلیه ی فعالیتها را در مهرآباد متوقف ساخت و توضیح دادند که این فعالیتهای ظاهری و بیرونی مانند مدارس و درمانگاهها چیزی نیستند مگر داربستهایی موقت به منظور کار درونی و جهانی ایشان. همین که آن کار درونی انجام می گرفت دیگر نیازی به آن داربست دیده نمی شود.

مهربابا دوباره مسافرتهای خود را در هند و ایران از سر گرفتند و به عده ای از مریدان خود تماس برقرار کردند. دوستداران مهربابا از ادیان و مذاهب مختلف بودند و بابا با صراحت بیان داشتند:

که اگر چه من تمامی ادیان را پذیرا هستم، لیکن به هیچ کدام از آنها تعلق نداشته و ندارم. مذهب من همین است که من خود یگانه ی قدیم و بیکران می باشم و آیینی را که به همگان می آموزم، عشق ورزیدن به خداست.

      هنگامی که بابا در شهر یزد بودند، رهبر یکی از فرقه های مذهبی به سوی شهر یزد آمدند تا بابا را مورد سوال قرار داده و ایشان را یک دروغگو معرفی کنند، ایشان به محض مشاهده ی بابا خود را گم می کند و وجود خود را از یاد می برد. بر روی پاهای بابا می افتد و اشک ریزان ندا سر می دهدکه: امروز من خدا را ملاقات کرده ام.

      در شهر بم نیز یک ژنرال ارتش، شمشیر خود را پیش پاهای بابا قرار می دهد و بر دستهای او بوسه می زند و التماس می کند که: خواهش داریم نظر عنایت خود را بر این مرز و بوم بد اقبال و مردمان بی سواد آن معطوف دارید. بابا تبسم نموده و اشاره می کنند: برای همین خاطر است که مرا اینجا می بینی.

      اگر چه بسیاری از مریدان نزدیک بابا از جامعه  زرتشتیان بودند ولی برخی از اعضای متعصب این مذهب، بابا را لکه ی ننگ جامعه می پنداشتند و به کلی او را رد می کردند. مهربابا در طول مدت حیات خود هرگز با مخالفت نظر منفی نشان نمی داد و توضیح می داد: آنهایی که بسیار با او مخالفت می کردند نقش مهمی را در سوخت رسانی به آتش ماموریت زندگی ایشان ایفا می کردند.

      سکوت بی نظیر بابا از درک عقلهای محدود انسانی به دور بوده و درک آن فقط در سکوت بی انتهایی که عاشق در درون احساس می کند ممکن می باشد. بابا در مورد سکوتشان اشاره های مختلف و متفاوتی را بنا به درک هر روح در مراحل مختلف ارائه دادند گاهی چیزهایی گفتند که به فرموده ی خودشان به زبان خود مهربابا است و از درک همه و همه خارج است. مریدان نزدیک و دوستداران و عاشقان بابا در سراسر دنیا در انتظار شکستن سکوت بابا و ادای کلمه ای بودند که بابا آن را کلمه ی کلمه ها نامیدند. لیکن بابا زمان شکستن سکوت ظاهری خود را ، مدام تغییر می دادند و این هم کاری بود که بسیاری از عاشقان خود را از فیلتر و صافی عشق و ایمان عبور دهند تا آن شوند که او می خواهد.

      در سپتامبر 1931 مهربابا به اروپا و آمريكا سفر کردند و با هزاران نفر در اين دو قاره تماس حاصل نمودند و نام ايشان بزودي به گوش آنهائي كه عميقا و صادقانه مشتاق معنويات بودند رسيد. برخي از آنها را بابا، به هندوستان دعوت فرمودند تا براي هفته ها يا سالها پيش او باشند. بابا در مغرب زمین ابراز داشتند که:

هدف من از آمدن به اینجا تاسیس مذاهب و مسالک و انجمنهای روحانی نیست. بلکه می خواهم کاری کنم که مردم به مفهوم واقعی مذهب پی ببرند.

      من قصد دارم که تمامی مذاهب و مسالک را چون دانه های تسبیح از یک نخ عبور دهم و برای نیازهای فردی و اجتماعی آنها را احیاء نمایم.

      در شش سال بعد مهربابا به تمام دنیا سفر نمودند و نه بار دیگر به مغرب زمین. خود بابا بیان داشتند که این مسافرتها بنای کابلهای ارتباطی بوده است. در این سفرها بسیاری شیفته ی شخصیت و حضور الهی مهربابا شدند. از هنرمندان صنعت سینما در هالیوود و دولتمردان گرفته تا مردم عامی.

      در ژوئن 1931 بود که مهربابا به ایران آمده و مدت سه شب در داخل حرم حضرت رضا در مشهد اعتکاف نمودند. که چگونگی این اعتکاف و اینکه چطور ماموران و مسئولان ایرانی با اشتیاق و احترام سه شب حرم حضرت رضا را خالی کرده و به مهربابا تحویل دادند بسیار شگفت انگیز و الهی است. 12 سال بعد فرمودند که: درخت ظهور ربانی من در ایران، در شهر مشهد کاشته خواهد شد که در آنجا رشد نموده و گسترش میابد و سرانجام تمام دنیا را می پوشاند.

      در فاصله ی این سفرها، مهربابا به هند بازگشت نمودند و اعتکافها و روزه های خاص خود را از سر گرفتند و اوقات خود را با مریدان نزدیک، می گذراندند. مریدان نزدیک مهربابا زندگی پاک و الهی خاصی را داشتند. برخی از مریدان زن در طول این سالها همچون راهبه ها می زیستند. برجسته ترین مرید زن مهربابا، مهرا بود که با خوشحالی و تسلیمی بی نظیر، دستورات بابا را انجام داده و زندگی مینوی ای را در کنار معبود خویش سپری می کرد. مهربابا درباره ی مهرا چنین فرمودند:

مهرا پاکترین روح در عالم است. مهرا مرا چنانکه باید دوست داشته شوم، دوست می دارد.